日本PTAの主な会議には、定款等に基づき、総会、理事会、協議会会長会、協議会懇談会及び各種委員会があります。

○総会
総会は正会員をもって構成し、定時総会と臨時総会の2種類があります。

○理事会
理事会は、すべての理事をもって構成し、定例理事会及び臨時理事会の2種類があります。

○協議会代表者
協議会会長会は、この法人の活動を円滑にするための意見交換の場として置かれています。

○協議会懇談会
協議会懇談会は、地方協議会に日本PTAの活動内容を十分に知ってもらうことや、地方協議会からの意見を収集するために置かれています。

○委員会
委員会は、その目的達成、事業遂行のために、理事会の決議により必要な委員会を置くこととしています。
日本PTAには下記の委員会が置かれています。

・調査研究委員会　　・社会教育推進委員会　　・家庭教育推進委員会　　・いじめ防止対策委員会

（その他の委員会）
・協賛事業推進委員会　・映画審査委員会